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紫锥菊花因为品种差异与栽培季节的不同，其中的活性成分可能有极大的差异，例如指标成分菊苣酸的含量以紫锥菊，达 2.0-2.68% ，但是狭叶紫锥菊和白花紫锥菊仅含 0.02-0.49% 。另一种活性成分烷酰胺，在相同植株的不同部位也差异颇大，通常以种子的种皮，其次为根、茎、筒状花、叶片和舌状花。
另外影响紫锥菊品质重要的因素莫过于病虫害，病虫害也会影响到活性成分的含量，例如根腐病、霉浆病( mycoplasma )都会减少菊苣酸含量达 50% 以上。如果紫锥菊罹患根腐病而未发觉，不仅会影响周遭健康的植株，加工萃取之后也会影响到萃取液的安定性和风味，因此在材料收获时即须严加控管。紫锥菊提取物主要成份菊苣酸是使用广泛的药用植物，一般用于感冒、牙疼、毒蛇咬伤和其它外伤。美国多年以来应用其作为增强免疫系统和清血的替代医药，特别是在季节变化和感冒咳嗽多发季节。
紫锥菊的主要活性成分，多酚，咖啡酸衍生物和多糖
